化粪池清理及污水处理服务企业资质证书的申请需要按照以下步骤进行：

准备相关资料。需要准备的具体资料可能包括：化粪池清掏资质证书、管道疏通清洗服务企业资质证书、雨污管道疏通清淤资质证书、污水处理资质证书、垃圾清运资质证书、再生资源回收资质证书等。

2. 确定服务项目。由于清理和处理的化粪池的类型、大小和程度不同，需要确定具体的服务项目。这些服务项目可能包括：清理化粪池、管道疏通、污水处理、垃圾清运、再生资源回收等。

3. 制定服务计划。根据具体的服务项目，制定相应的服务计划，包括服务的具体内容、时间安排、人员配备、设备和材料的采购和使用等。

4. 申请相关资质。根据所在地区的相关规定，申请相应的资质证书。例如，清理化粪池的企业需要获得化粪池清掏资质证书和污水处理资质证书等。

5. 获得相关许可。在申请资质证书的同时，还需要获得相关的许可，例如安全生产许可证和环境保护检测报告等。这些许可对于企业来说是必要的，以确保其服务质量和安全性。

6. 实施服务计划。在获得相应的资质和许可后，可以按照制定的服务计划实施相应的服务。

需要注意的是，不同地区对于化粪池清理及污水处理服务企业资质证书的申请要求可能会有所不同，具体情况需要根据所在地区的规定进行了解和准备。