厦门大学环境与生态学院于2011年3月30日成立，是在原海洋与环境学院的环境学科和生命科学学院的生态学科基础上重新组建。学院下设环境科学、生态学、环境与生态工程、环境科学研究中心四个系（中心）。拥有环境科学与工程、生态学两个一级学科博士点和博士后流动站，环境科学国家重点学科，生态学和环境工程省级重点学科。

本学科群拥有1个国家级科研平台（和海洋与地球学院共建：近海海洋环境科学国家重点实验室），3个省部级科研平台（滨海湿地生态系统教育部重点实验室、福建省海陆界面生态环境重点实验室、福建省滨海湿地保护与生态恢复工程技术研究中心），以及1个校级多学科交叉研究平台（海洋与海岸带发展研究院），并拥有国家环保部颁发的甲级环境影响评价证书。

学院瞄准全球变化和人类活动等多重压力下近海－流域与湿地生态系统演变机制的重大科学前沿，同时针对国家与地方对近海－流域－湿地生态安全和防灾减灾的重大需求。本学科群（环境与生态学科）将以亚热带水域生态系统(流域－河口－近海)和滨海湿地生态系统为主要研究对象，主攻水域和湿地生态系统与环境演变过程与机理及其生态环境效应，建立生态系统水平的海陆统筹管理的理论体系，同时大力发展环境工程、生态工程和环境评价等相关应用类学科的发展。

2012年9月，学院即将搬迁至翔安校区，新校区内建有占地面积为2万平方米的环境与生态学院大楼，为学院的发展提供新的契机和更广阔的空间。